Cydonia est une petite ville en bord de mer, avec un port magnifique. Cet ville est magnifique du fait qu'elle soit présente sur une île ou les Pokémons anciens habitent encore, et c'est aussi la seul ville car les Hommes n'ont pas voulue déranger et détruire la faune et la flore de cet île. Une Arène est présente dans cette ville.

Une grotte très profonde, illuminer par d'énorme diamant. Cette grotte traverse toute la mer jusqu’à l’île de la Lune.